При загрузке файла csv есть возможность указать место размещения по категориям и подкатегориям.
Для этого потребуется в csv добавить дополнительные колонки с названиями Категория / Подкатегория 1 / Подкатегория 2
Максимальная вложенность не более 3, т.е. подкатегория 2 является крайней.
Это работает только с загрузкой товаров, выгрузка структуры категорий пока не поддерживается.